La muerte del cardenal brasileño Alois Loescheider deja un gran vacío en el episcopado latinoamericano y en la Iglesia de los pobres de América Latina. La opción por los pobres fue el criterio ético de su acción, el principio teológico de su magisterio y el horizonte evangélico de su trabajo pastoral.
En 1962, con menos de cuarenta años, fue nombrado obispo de la diócesis de Santo Angelo, en Rio Grande do Sul, y participó en las cuatro sesiones del Concilio Vaticano II, donde tuvo la oportunidad de escuchar en directo las palabras de Juan XXIII al comienzo del Concilio: “La Iglesia se presenta, para los países subdesarrollados, tal como es y quiere: la Iglesia de todos y, particularmente, la Iglesia de los pobres”. Sin embargo no las puso en práctica desde el principio. Según confesión propia, durante los once años de su episcopado estuvo más preocupado por el adoctrinamiento y por la práctica sacramental que por los problemas concretos y por la vida real del pueblo. Actuó más como profesor y presidente del culto que evangelizador.
En 1973 Pablo VI lo nombraba arzobispo de Fortaleza, del Estado de Ceará, el nordeste brasileño. Fue ahí donde se produjo su conversión a los pobres y su apuesta por las comunidades eclesiales de base. Al desconocer la historia, la cultura e incluso la lengua de la región a la que había sido destinado, lo primero que hizo fue ponerse a la escucha del pueblo, actitud que terminó por convertirse en un hábito. Se consideraba parte de la comunidad, no superior o jefe de la misma. Tenía conciencia de estar revestido de la “autoridad” de Cristo, pero esa autoridad no la utilizaba para dominar sino para servir. Había dejado de ser profesor para convertirse en animador de comunidades cristianas; había renunciado a ser maestro para ser discípulo del Maestro. El cambio de actitud se apreció en las celebraciones religiosas, que insertaba en el contexto vital de la gente, hasta convertirlas en fiestas de la vida. Así logró la feliz armonía entre fe y vida, acción y oración.
La crisis de las vocaciones sacerdotales no era problema para él. Su prioridad nunca fue reclutar gente para la vida conventual y para llenar los seminarios, sino la creación de pequeñas comunidades de base. El contacto con ellas supuso también un cambio en su estilo de vida, que se ha caracterizado desde entonces por la sencillez y la renuncia a todo signo de grandeza y al “ordeno y mando”, hasta convertirse en “hermano entre los hermanos”, que debe ser hoy –decía- el modelo de obispo en una Iglesia del Tercer Mundo, y quizás también del Primero. Como buen franciscano siguió el ejemplo de Francisco de Asís
En 1976 fue nombrado cardenal por Pablo VI, apoyando así la línea liberadora de su actividad episcopal. Posteriormente fue destinado como arzobispo a Aparecida, donde en mayo de 2007., siendo él ya emérito, se celebró la V Conferencia General del Episcopado Latinoamericano inaugurada por Benedicto XVI con un discurso muy crítico contra la religiosidad indígena y contra algunos gobiernos de América Latina. Presidió la Conferencia Episcopal Brasileña (CNBB) y el Consejo Episcopal Latinoamericano (CELAM). Desde estos puestos de responsabilidad denunció el régimen militar brasileño que duró más dos décadas así como las dictaduras instaladas en muchos países latinoamericanos. La defensa de los derechos humanos y de la justicia social y el compromiso con las mayorías empobrecidas fueron el centro de su trabajo pastoral, en plena sintonía con otros colegas en el episcopado de su país como Helder Cámara –ya fallecido-, Père Casaldáliga y Paulo Evaristo Arns –eméritos-.
Su ubicación teológica fue la teología de la liberación. Una muestra de su cercanía a la misma fue el acompañamiento, junto con el cardenal Arns, arzobispo de Sâo Paulo, a Leonardo Boff durante el proceso al que fue sometido en 1984 por la congregación para la Doctrina de la Fe presidida entonces por el cardenal Ratzinger. Fue un gesto de solidaridad franciscana, una muestra de apoyo a la eclesiología de Boff, que el mismo Lorscheider hacía realidad en su diócesis y una expresión de comunión con el teólogo condenado.